Na década de 60, com o advento de novas tecnologias, as megabibliotecas e agências bibliográficas iniciaram projetos de automação de seus serviços. Como os programas utilizados eram independentes para as diversas funções (entrada, ordenamento, busca e saída de dados) a Organização Internacional do Trabalho (OIT), criou para uso interno o ISIS (Integrated Set of Information Systems), com a finalidade de integrar estes programas.
Em 1975, Giampaolo Del Bigio, programador da UNESCO, propôs que o seu sistema de documentação (CDS – Computerized Documentation System) fosse baseado no ISIS da OIT. O novo programa foi nomeado CDS/ISIS.
A UNESCO passou a desenvolver e difundir o sistema. A distribuição foi feita apenas para instituições relevantes e sem fins lucrativos.
No final da década de 80, a UNESCO liberou a distribuição do CDS/ISIS, sem custos, a todas as pessoas e entidades, incluindo as lucrativas.
Em 1995, Del Bigio apresentou os primeiros resultados do Winisis (CDS/ISIS versão Windows), utilizando a linguagem C++, no Congresso Internacional de CDS/ISIS em Bogotá, Colômbia. O Winisis converteu-se na grande promessa do futuro.
No ano de 1998 foi lançada oficialmente a versão 1.0 e em novembro do corrente ano foi apresentada a versão oficial Winisis 1.3.
Em janeiro de 2001 foi lançada a versão 1.4, chegando ao Brasil pouco tempo depois. A Bireme1, disponibiliza a versão 1.4 para download. Atualmente encontra-se disponível a versão 1.5 (Build 3) Dezembro 2003.